基部被子植物2种系发生

无油樟属、睡莲目和木兰藤目之间的确切关系现今还并不明了。虽然研究表明相比木兰藤目，无油樟属和睡莲目在进化枝中的位置更靠近基部，并且这三个种类都要比核心被子植物原始，目前有两种分支模式都有重要分子证据的支持。一种将无油樟属放在了与其它被子植物并列的位置，另一种无油樟属和睡莲目组成了一个进化枝，与木兰藤目和核心被子植物的进化枝并列。

古双子叶植物 (Paleodicots or Palaeodicots) 是一种非正式的命名，曾被植物学家用来指代不属于单子叶 植物或真双子叶植物的被子植物。

古双子叶植物大致与克朗奎斯特系统 (Cronquist 1981) 中的木兰亚纲 (Magnoliidae，去除毛茛目Ranunculales和罂粟目Papaverales) 和塔赫他间系统 (Takhtajan 1980) 中的木兰亚纲 (Magnoliidae) 相符。一些古双子叶植物表面上具有与单子叶植物形态相似的特征，例如维管束散生、三基数花和非三沟型花粉。

"古双子叶植物"不是一个单源群，并且这个概念并没有被广泛接纳。被子植物APGⅡ分类法 (APGⅡ system) 并未认可一个叫做"古双子叶植物"的种群，而是把这些早期分化的双子叶植物分配到许多目以及未定位的科中。它们包括睡莲科 (Nymphaeaceae, 包含莼菜科Cabombaceae)、木兰藤目 (Austrobaileyales)、金鱼藻目(Ceratophyllales,在1998年Leitch等人定义的"古双子叶植物"中并没有被包含进去)、金粟蓝科以及木兰类植物(magnoliid)进化枝(白桂皮目Canellales、胡椒目Piperales、樟目Laurales以及木兰目Magnoliales)。后续研究将独蕊草科(Hydatellaceae)也加入了古双子叶植物。

古草本植物 (paleoherb) 是另一个用来指代不属于真双子叶植物或单子叶植物的开花植物的旧术语。

基于两个叶绿体基因(matK和rbcL)和一个核糖体基因(18S rDNA)的序列分析, 对代表了基部被子植物和单子叶植物主要谱系分支的86科126属151种被子植物(单子叶植物58科86属101种)进行了系统演化关系分析。研究结果表明由胡椒目Piperales、樟目Laurales、木兰目Magnoliales和林仙目Canellales构成的真木兰类复合群是单子叶植物的姐妹群。单子叶植物的单系性在3个序列联合分析中得到98%的强烈自展支持。联合分析鉴定出9个单子叶植物主要谱系(广义泽泻目Alismatales、薯蓣目Dioscoreales、露兜树目Pandanales、天门冬目Asparagales、百合目Liliales、棕榈目Arecales、禾本目Poales、姜目Zingiberales、鸭跖草目Commelinales)和6个其他被子植物主要谱系(睡莲目Nymphaeales、真双子叶植物、木兰目、樟目、胡椒目、林仙目)。在单子叶植物内, 菖蒲目Acorales(菖蒲属Acorus)是单子叶植物最早分化的一个谱系, 广义泽泻目(包括天南星科Araceae和岩菖蒲科Tofieldiaceae)紧随其后分化出来, 二者依次和其余单子叶植物类群构成姐妹群关系。无叶莲科Petrosaviaceae紧随广义的泽泻目之后分化出来, 无叶莲科和剩余的单子叶植物类群形成姐妹群关系, 并得到了较高的支持率。继无叶莲科之后分化的类群形成两个大的分支: 一支是由露兜树目和薯蓣目构成, 二者形成姐妹群关系; 另一支是由天门冬目、百合目和鸭跖草类复合群组成, 三者之间的关系在单个序列分析和联合分析中不稳定, 需要进一步扩大取样范围来确定。